作成中の自作気象観測装置ですが、USBでPCに接続する予定がないのでUSBシリアル変換を搭載していません。
そうなると、Arduino の IDE から直接スケッチを書き込めません。
何か良い方法がないかとぐぐってみると、AVRISPmkII で書き込む記事がありました。
kosakaさんの
kosakalab を参考にさせていただきました。
ATmega/ATtiny記述ファイルは、特に問題なく Arduino の IDE にインストール(?)出来ました。
Arduino の IDE から AVRISPmkII で書き込むには、libusb-win32 というドライバを入れないといけないようです。
で、ドライバを入れてみたのですが、上手く入らず AVRISPmkII には!マークが付いたままです。
いろいろやってみたのですが、どうしてもダメでした。(´・ω・`)
64bitだからダメなのかと思ったのですが、大丈夫だという記事もあるので、私の環境の何かが悪さをしているようです…。
で、AVR Studio にプログラマがあったのを思い出し、それでHEXファイルを書き込んだらどうかと思い付きました。
最新の AVR Studio をダウンロードしに行ったら、今のは Atmel Studio って名前になっているんですね。
Atmel Studio 6.2 というのをダウンロードしてきて、インストールしました。
いざ書き込もうとした時、はて、Arduino の IDE でコンパイルしたHEXファイルがどこにあるんだ?
ぐぐってみると、西村備山さんの
滴了庵日録というブログに、その答えがありました。
Atmel Studio のプログラマを起動したのですが、選択できる拡張子は、hex ではなく elf という拡張子のファイルでした。HEXファイルを吐き出したフォルダの中に elf という拡張子のファイルがあったので、ダメもとで書き込んでみました。

なんと、無事に動作しました!\(^o^)/

写真は、ATmega88用に作ったトレーニングボードですが、ピン配置は一緒なのでそのまま使えました。(書き込んだ石は、ATmega328Pです)
libusb-win32 をインストールすると AVR Studio から AVRISPmkII が使えなくなってしまうようなので、こっちの方がその心配はありません。
まぁ、Arduino の IDE と Atmel Studio の両方を立ち上げないといけませんが、大して苦でもありませんし。(^^ゞ